Khu DTTN Động Châu – Khe Nước Trong đã chủ động mở rộng quan hệ hợp tác với các cá nhân, tổ chức trong và ngoài nước nhằm mục đích hỗ trợ về mặt kỹ thuật, cơ sở vật chất và các dự án đầu tư trong lĩnh vực bảo tồn tài nguyên thiên nhiên như: Trường Đại học Lâm nghiệp, Đại học Quảng Bình, Đại học Quốc gia Hà Nội, Dự án Trường Sơn Xanh, Dự án Trung Trường Sơn, Dự án Hiện đại hóa Lâm nghiệp, BQL các dự án Lâm Nghiệp, tổ chức WWF, SVW, FFI, USAID…
BQL Động Châu – Khe Nước Trong đã phối hợp với BQL dự án tỉnh, tổ chức FFI thực hiện tốt các hạng mục Dự án Bảo tồn Đa dạng Sinh học do tổ chức USAID (Mỹ) tài trợ tại khu dự trữ như: đánh giá công cụ METT, COPS hàng năm, thực hiện đặt bẫy ảnh điều tra, đánh giá hiện trạng động vật hoang dã Khu dự trữ, áp dụng công cụ SMART Mobile vào tuần tra giám sát bảo vệ rừng và đa dạng sinh học; Hợp tác tổ chức Viet Nature thực hiện chương trình hỗ trợ kỹ thuật bảo vệ rừng và đa dạng sinh học, giám sát tuyến tác động, đặt bẫy ảnh giám sát đa dạng sinh học loài chỉ thị Trĩ sao (Rheinardia ocellata), Vượn Siki (Nomascus siki), Chà vá chân nâu (Pygathrix nemaeus).
